При учете входящих документов важно отслеживать наличие оригиналов.
В документах Поступление товаров и услуг существует поле Оригинал, в котором надо установить галочку при наличии оригинала.
В документах поступления с видом операций "Товары, услуги, комиссия", "Материалы в переработку", "Оборудование" и "Объекты строительства" поле Оригинал находится на закладке Дополнительно.
Для формирования отчета по наличию оригиналов документов поступлений откройте раздел: Покупки – Поступление (акты, накладные, УПД). Нажмите кнопку Печать - Реестр документов , далее Показать настройки и перейдите на закладку Оформление. Установите галочки в поле Оригинал и Оригинал счета-фактуры и сформируйте отчет.