Причина №1. Уменьшение премий, если в 2.5 использовался флажок «При расчете среднего не уменьшать премии, начисленные пропорционально отработанному времени»
В настройках ЗУП 2.5 имелся флажок При расчете среднего не уменьшать премии, начисленные пропорционально отработанному времени:
Эта настройка действовала для премий, начисленных пропорционально отработанному времени. В общем случае они учитывались для расчета среднего заработка в полных суммах, но бывали случаи, когда период, за который начислена премия выходит за рамки расчетного периода среднего заработка. В этом случае согласно Письму Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 26.06.2008 N 2337-17 «О расчете среднего заработка» такую премию нужно перерассчитать пропорционально отработанному времени. Если же дословно читать Постановление Правительства РФ от 24.12.2007 N 922 «Об особенностях порядка исчисления средней заработной платы» (далее Постановление N 922), то такого однозначного вывода уже сделать нельзя.
Поэтому в программе ЗУП 2.5 была предусмотрена настройка, позволяющая пользователю самостоятельно определять полностью или частично учитывать такие премии в среднем заработке.
В ЗУП 3 такой настройки нет. Поэтому в программе такие премии всегда пересчитываются пропорционально отработанному времени, т.е. они уменьшаются всегда.
Получается, что базовый период премии, начисленной пропорционально отработанному времени, выходит за границы расчетного периода среднего заработка. Хотя данная премия в расшифровке расчета среднего заработка попадает в строку Премия, полностью учитываемая, но в этом случае в ЗУП 3 она автоматически будет пересчитана пропорционально отработанному времени:
Решение №1: ручная корректировка в расшифровке среднего заработка
Если нам требуется все-таки такую премию учитывать полностью, то необходимо в расшифровке расчета среднего заработка щелкнуть правой клавишей мыши на сумме премии и выбрать пункт Подробнее:
В открывшейся форме отредактировать в колонке Дата начала базового периода значение таким образом, чтобы базовый период премии стал входить в расчетный период среднего заработка. В нашем примере исправим дату на 01.05.2016:
Тогда премия будет при расчете среднего заработка учитываться полностью, то есть в нашем примере в размере 30 000 руб.:
Решение №2: программные изменения
Другой вариант решения данной задачи – программный. Необходимо будет внести изменения в общий модуль УчетСреднегоЗаработкаКлиентСервер, заменив строку в функции УменьшатьПремииПроцентомНачисленныеЗаВремяНеВходящееВРасчетныйПериод: 
Сделать это можно, включив расширение для данного модуля. Тогда доработка конфигурации не потребуется. Обращайтесь поможем.
Материалы взяты с сайта: http://buhpoisk.ru/pochemu-v-zup-3-raschet-srednego-zarabotka-mozhet-otlichat-sya-ot-rascheta-zup-2-5.html